Se evaluaron las variaciones espaciales y temporales de los ensambles de algas epifíticas asociadas a raíces de macrófitas, en 14 sitios de muestreo: siete zonas con condiciones lenticas y siete con condiciones lóticas del sistema de planos inundables de Ayapel. Se determinó que el grado de conectividad entre el río, los caños y las ciénagas aumentó en aguas altas, lo que produjo la uniformidad de las condiciones fisicoquímicas y limitó el desarrollo de condiciones locales. Así, los cuerpos más aislados alcanzan a generar un mayor grado de independencia del cuerpo principal, debido a la formación de gradientes horizontales. Esta individualización de las condiciones fisicoquímicas, se hace más evidente en la fase de aguas bajas. Se encontró variación de la diversidad y de la riqueza de especies a nivel espacial, ya que se presentó una baja similaridad florística entre los ensamblajes ficoperifíticos (30%), lo que favoreció la riqueza alta de especies registrada. Las diatomeas predominaron en el sistema, siendo favorecidas por la concentración de amonio y, su abundancia, se redujo con el aumento en las precipitaciones. Las clorofíceas son favorecidas por el aumento en las precipitaciones, en la variación del nivel de la ciénaga, en las concentraciones bajas de nitratos, de nitrógeno amoniacal y de la conductividad eléctrica. Se halló que las concentraciones bajas de nutrientes y la disminución de la precipitación favorecen el desarrollo de las cianofíceas. Finalmente, se consideró a las euglenofíceas, dinofíceas y crisofíceas como grupos algales minoritarios, dentro del ensamblaje epifítico.Spatial and temporal variations of the epiphytic algae assemblages associated with roots of macrophytes in 14 sampling sites, seven zones with lentic and seven with lotic conditions of the Ayapel flood plain was evaluated. It was determined that the degree of connectivity between the river, the streams and swamp increased in high waters which produced physico-chemical uniformity conditions and limited the development local conditions. Thus, the most isolated bodies reach a greater degree of independence from the main body due to the formation of horizontal gradients. This individualization of the physico-chemical conditions is most evident in the low water phase. Diversity and richness of species variation at the spatial level was found, as well as lower floristic similarity (30%) between the periphytics assemblages which favored the recorded high species richness. Diatoms predominated in the system, being favored by ammonium concentration; their abundance decreased with precipitation increase. Chlorophyceae are favored by the precipitation increase, variation in water level, low concentrations of nitrates, nitrogen ammoniacal and electrical conductivity. Low concentrations of nutrients and the decrease of precipitation favor the development of the cyanobacteria. Finally, Euglenophyceae, Dynophyceae and Chrysophyceae are considered as minority algal groups within the epiphytic assemblyIncluye referencias bibliográficas