This case study evaluated the conditions effect and traditional storage time of the quinoa producers of the Boyacá and Cundinamarca zone on the physical quality (color, shape, diameter, moisture content, imbibition) and physiological quality (viability, percentage And germination rate) of the seed. In addition, the effect of the substrate on the germinative power was determined for this species. The study was developed in the facilities of the Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A and in a local farm at “Buenos Aires” (municipality of Tibasosa, Boyacá, Colombia). The data analysis was carried out under a completely randomized design (DCA) with factorial arrangement 2x11 (Substrates x Samples); Meaning the combination of ecotypes by time and storage conditions. The study determined significant differences in the physical parameters of the seed of form, color and size, condition given to the seed mixture with which the crops normally develop in the zone. The physiological quality variables were affected by the storage conditions, because these sites can intervene in the acceleration of the metabolic processes of the seed causing the deterioration of the same. The substrate that provided the best conditions for the percentage and speed of germination of quinoa was the peat substrate, allowing a better use of the water and a greater aeration during the germination process. In this substrate the sample with the best performance corresponded to PCU12 with germination values greater than 80% in a period of 6 days and 7.36 seeds germinated per day, while in soil substrate this same sample did not reach 50% of germination during the 12 days and this same had a value of 3.37 for the germination rate variable.75 páginas : fotografías, gráficasEl estudio de caso evaluó el efecto de las condiciones y tiempo de almacenamiento tradicional de los productores de quinua de la zona de Boyacá y Cundinamarca sobre la calidad física (color, forma, diámetro, contenido de humedad, imbibición) y fisiológica (viabilidad, porcentaje y velocidad de germinación) de la semilla, adicionalmente se determinó el efecto del sustrato sobre el poder germinativo para esta especie. El estudio se desarrolló en las instalaciones de la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A y en la Hacienda Buenos Aires en el municipio de Tibasosa-Boyacá. El análisis de datos se llevó a cabo bajo un Diseño Completamente al azar (DCA) con arreglo factorial 2x11 (Sustratos x Muestras); entendiendo por muestra a la combinación de los ecotipos por el tiempo y las condiciones de almacenamiento. Se determinaron diferencias físicas en la semilla de forma, color y tamaño influenciado por la mezcla de ecotipos en la zona. El contenido de humedad tuvo un posible efecto de las condiciones de almacenamiento al intervenir factores de temperatura y humedad relativa que aceleraron el proceso metabólico generando deterioro de la semilla, indicando con esto una reducción en el porcentaje y velocidad de germinación. El sustrato que proporcionó mejores condiciones para la germinación y velocidad de semillas de quinua fue la turba. Con porcentajes de germinación mayores al 80% a una velocidad de 6 días y 7.36 semillas germinadas/día, fue PCU12 la muestra que presentó mejores resultados en condiciones de campo con este sustrato.